A jövőben egy Kusakabe Sakura nevű férfi eléri, hogy minden nő halhatatlan legyen, de mindannyian csak tizenkét évesnek nézzenek ki. Isten ezt megelégeli, így a jelenbe küld egy angyalt, Dokuro-chant, hogy ölje meg az akkor még csak 16 éves Sakura-kunt, mielőtt még megvalósulna a szörnyű jövő. Dokuro-chan azonban úgy gondolja, hogy inkább megváltoztatja a jövőt ahelyett, hogy megölné a fiút, így beköltözik hozzá. Azonban angyalkánt igencsak heves vérmérsékletű, így gyakran megöli szegény Sakurát, meg sokszor másokat a nála levő buzogánnyal. Ám mindig mindenkit feltámaszt, csak hogy újra megölhesse őket, ha elveszíti a türelmét.

Kaname Madoka egy teljesen átlagos lány. A középiskola második osztályába jár, vannak barátai, szerető családja, mégis kissé motiválatlan. Az élete teljesen felborul, amikor egy cserediák érkezik az osztályába. Különös módon sokat tud róla, és kissé ellenségesen viselkedik vele. A nap vége felé egy ismeretlen hang kéri a segítségét, amit csak ő hall. Nem lenne Mahou Shoujo anime, ha nem indulna a hang keresésére. Ez a lépés azonban események egész láncolatát indítja be, mely a sors és kétségbeesés végtelen labirintusába zárja szereplőinket.

Morishita Koyomi egy alacsony és ügyetlen lány, akit folyton piszkálnak az adottságai miatt. Kinézete alapján állandóan általános iskolásnak hívják, miközben középsuliba jár. Erre tetézik rá a hatalmas csetlés-botlásaival, amik egyáltalán nem segítik a helyzetét. Elhatározza, hogy mágus lesz, és a sors összehozza Anehara Misával, aki a szárnyai alá veszi. Misa, a modernkori mágus tanítani kezdi Koyomit, aki furcsa mágiájával sorra idézi a bajt a feje fölé. Sokszor szó szerint.

Yoshida Yuuko egy nap megtudja, hogy ő a gonosz démonok leszármazottja, és az a küldetése, hogy legyőzze az osztálytársát, a fény klán papnőjét és magical girl Chiyoda Momót.

Főhősnőnk, Tiara az Őrző Világ egyik leghatalmasabb mágusa. Ennek a világnak az urai, az Öregek azzal a feladattal bízzák meg, hogy szerezze vissza a Yord trónját, amit szerelme, Kagetsu ellopott és a Földre menekült vele...